每一種獸藥都有它專有的物理性質和化學結構，當投入到動物體內后，就參與機體內的組織代謝活動，而發生藥效作用。但在藥物的使用過程中，由于受到某些因素的影響，會產生藥效增強、藥效降低、失效，甚至發生中毒和其它嚴重后果，用藥者必須小心注意。
影響藥物的效應常見的因素如下：
1. 動物的種屬不同動物的種屬不一樣，它們的形態結構和代謝機能常有差別，對藥物的反應也就不同。例如牛、羊、鹿等反芻動物對麻醉藥水合氯醛比較敏感，而豬則有一定的耐受力；家禽易發生呋喃唑酮中毒，一般使用此藥期限不宜超過7日；牛對汞劑比較敏感；復胃動物不應過多使用抗生素，以免干擾其胃內正常的消化活動等。
2. 合并用藥兩種藥物同時使用，稱為合并用藥。如果這兩種藥物的藥理作用相似，合并使用時常可增加藥效，起到協同治療的作用。這就是說，這樣的合并用藥能提高藥物的效能，還可以減少藥物的用量。例如，在使用磺胺類藥物時，可同時給予抗菌增效劑，一般可提高療效幾倍。
3. 重復用藥某些藥物必須用了再用，在規定的時間內重復給藥，并持續用藥至若干日才能達到治病的目的。如各種抗生素與磺胺類藥物，就應該這樣使用，理由是可以保持血液中的藥物濃度于一定水平。因為每一次輸入體內的藥物不可能長久保留在血內，時間一長，藥物就排泄出體外。故只有重復補充，才能達到治療的目的。重復用藥通常是一日用藥2—3次，連續使用數日，當然，也不宜長期使用，以防藥物積蓄，產生不良效果。
4. 配伍禁忌不同的藥物在配合不當時，會產生沉淀、結塊、變色，或形成有毒物質，失去治療價值。這叫配伍禁忌。用藥人員必須熟悉各種藥物的性狀，合用調配時要防止出現配伍禁忌現象。
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