自然界存在大量有害微生物。孵化廠的廢棄物、蛋殼、絨毛等，加上孵化時的溫、濕度條件，又是其繁殖生長的良好環境，若不注意對孵化廠環境、孵化器具及種蛋的嚴格消毒，一旦疫病流行，將會帶來災難性后果。
孵化廠環境應堅持每周1次消毒。常用的消毒藥品有：燒堿、過氧乙酸、新潔爾滅等，使用濃度分別為1%、0.3%~0.5%、5%。將消毒藥品按上述使用濃度對水噴酒。孵化廠應保持清潔，孵化廠嚴禁非工作人員入內，工作人員進入孵化廠也應經嚴格消毒、更衣后方可入內。
孵化機的消毒多采用甲醛熏蒸。一般每立方米空間用42毫升甲醛溶液加21克高猛酸鉀，在溫度20~24℃，相對濕度70%~80%的條件下，密閉熏蒸30分鐘左右。
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