自然界存在大量有害微生物。孵化廠的廢棄物、蛋殼、絨毛等，加上孵化時(shí)的溫、濕度條件，又是其繁殖生長(zhǎng)的良好環(huán)境，若不注意對(duì)孵化廠環(huán)境、孵化器具及種蛋的嚴(yán)格消毒，一旦疫病流行，將會(huì)帶來(lái)災(zāi)難性后果。
孵化廠環(huán)境應(yīng)堅(jiān)持每周1次消毒。常用的消毒藥品有：燒堿、過氧乙酸、新潔爾滅等，使用濃度分別為1%、0.3%~0.5%、5%。將消毒藥品按上述使用濃度對(duì)水噴酒。孵化廠應(yīng)保持清潔，孵化廠嚴(yán)禁非工作人員入內(nèi)，工作人員進(jìn)入孵化廠也應(yīng)經(jīng)嚴(yán)格消毒、更衣后方可入內(nèi)。
孵化機(jī)的消毒多采用甲醛熏蒸。一般每立方米空間用42毫升甲醛溶液加21克高猛酸鉀，在溫度20~24℃，相對(duì)濕度70%~80%的條件下，密閉熏蒸30分鐘左右。
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